اسهال یکی از عوارض جانبی بسیاری از داروها است، اما بیشترین ارتباط را با مصرف داروهای ضد میکروبی (antimicrobials) دارد. این عارضه یکی از شایع‌ترین اثرات نامطلوب درمان با آنتی‌بیوتیک‌ها (antibiotic therapy) است و می‌تواند از ناراحتی خفیف شکمی تا اسهال شدید و کولیت (colitis) متغیر باشد. بیشتر موارد خفیف و خود محدود شونده هستند، به ویژه پس از قطع درمان. اسهال ناشی از دارو باید از کولیت کلستریدیوئیدیس دیفیسیله (Clostridioides difficile colitis) که یک عارضه عفونی ناشی از استفاده از آنتی‌بیوتیک‌ها است و در آن سرکوب فلور طبیعی اجازه رشد به کلستریدیوم دیفیسیله تولید کننده سیتوتوکسین را می‌دهد، تمیز داده شود. مهم است که تعیین شود آیا اسهال یک عارضه جانبی دارو است یا به کلستریدیوم دیفیسیله یا علت عفونی دیگری مربوط است، زیرا استراتژی مدیریت ممکن است متفاوت باشد.

برخی داروها (مانند مهارکننده‌های ایمنی یا checkpoint inhibitors) می‌توانند باعث ایجاد کولیتی مشابه بیماری التهابی روده (inflammatory bowel disease) شوند که ممکن است نیاز به درمان با داروهای سرکوب‌کننده ایمنی داشته باشد. در این حالت، اسهال پس از قطع عامل مقصر ادامه خواهد یافت و بررسی‌های بیشتر با کولونوسکوپی (colonoscopy) احتمالاً تشخیص را آشکار خواهد کرد.

برخی دیگر از داروها به پوشش داخلی روده آسیب می‌رسانند و باعث موکوزیت (mucositis) می‌شوند، مانند شیمی‌درمانی (chemotherapy)، و به همین دلیل باعث اسهال می‌شوند.